集美大学水产学院的前身是厦门水产学院。1972年上海水产学院南迁厦门集美学村成立厦门水产学院。1994年10月，集美学村原有的五所高校合并成立集美大学，厦门水产学院也并入集美大学，并更名为集美大学水产学院。
集美大学水产学院现有水产养殖学、动物科学、海洋渔业科学与技术等3个本科专业和水产养殖学、水生生物学、渔业资源学等3个硕士点，2002年开始与中科院武汉水产研究所联合培养硕士生和博士生。学院师资力量雄厚，共有专任教师85人，其中教授、研究员12人，副教授27人；具有博士学位的教师41人，硕士学位26人；在职攻读博士学位的教师15人，留学归国人员20多人。享受国务院政府特殊津贴专家4人，农业部有突出贡献中青年专家2人，入选国家级百千万人才工程1人，入选省级百千万人才工程3人。学院拥有水产综合实验室、水产养殖试验场、水产科学技术与食品安全实验室、福建省高校重点实验室及水产病害防治研究中心和14个校外产学研共建基地，现有仪器设备总值1500多万。
学院与集美大学水产生物技术研究所实行院所合一管理，设有水产生物技术与遗传育种、水产生物增养殖、水产生物病害防治、水产动物营养与饲料、水产生物资源与环境等五个学科。水产养殖学为福建省省级重点学科。近年来学院承担的国家863计划项目、国家自然科学基金项目、省部级等各类科研项目100多项，获得多项省部级科技进步奖，在国内外多种学术刊物发表学术论文300多篇。
学院紧紧围绕“培养学生创新精神和提高实践能力”的宗旨，不断推进学风建设。积极探索并不断完善以辅导员负责制、“学生导师”制和辅导员助理制为主的一套新形势下大学生政治思想教育工作新机制，高度重视和不断加强大学生党建和思想政治工作，开展丰富多彩的第二课堂活动，形成培育大学生良好人文素养、科学素质的氛围和环境。在“挑战杯”中国大学生创业计划大赛、全国大学生英语竞赛等活动中均取得较好成绩。历届毕业生深受社会和用人单位好评。
